Nodokļu administrācijas kompetencē ietilpst nodokļu kontroles pasākumu veikšana saskaņā ar spēkā esošo normatīvo aktu prasībām. Attiecībā uz nodokļu administrācijai iesniegto nodokļu deklarāciju un pārskatu kontroli, tiek veikts nodokļu audits un datu atbilstības pārbaudes. Muitas iestāžu administrēto nodokļu maksājumu kontrole tiek pakļauta vispārējai nodokļu kontroles kārtībai, kas noteikta nacionālajos normatīvajos aktos, un konkrēti likumā „Par nodokļiem un nodevām”, taču sakarā ar to, ka galvenie muitas lietas regulējošie normatīvie akti ir tieši piemērojamās Eiropas regulas, tad veicot nodokļu kontroles pasākumus par muitas nodokļu nomaksas kontroli piemērojami regulu nosacījumi. Šajā rakstā turpmāk tiks aplūkoti atsevišķi īpaši noteikumi attiecībā uz pēcmuitošanas pārbaužu veikšanu saskaņā ar ES normatīvajiem aktiem nodokļu audita vai datu atbilstības pārbaudes ietvaros.

Saskaņā ar 1992.gada 12.oktobra Padomes Regulas (EEK) Nr. 2913/92 par Kopienas Muitas kodeksa izveidi (Muitas kodekss) 78.pants nosaka pēcmuitošanas pārbaužu veikšanu – pēc preču atlaišanas, lai pārliecinātos par deklarācijas datu pareizību, muitas dienesti var pārbaudīt tirdzniecības dokumentus un datus par attiecīgo preču ievešanu un izvešanu vai sekojušajām tirdznieciskām darbībām ar šīm precēm. Šādas pārbaudes var izdarīt deklarētāja vai jebkuras citas personas telpās, kas minētajās darbībās tieši vai netieši iesaistīta sakarā ar savu komercdarbību, vai pie jebkuras citas personas, kuras valdījumā komercdarbības vajadzībām atrodas minētie dokumenti un ziņas. Šie dienesti var arī pārbaudīt preces, ja tās joprojām ir iespējams tiem uzrādīt. Ja deklarācijas pārskatīšanas rezultātā vai pēcmuitas pārbaudē atklājas, ka attiecīgās muitas procedūras noteikumi ir piemēroti, pamatojoties uz nepatiesu vai nepilnīgu informāciju, muitas dienesti saskaņā ar pastāvošajiem noteikumiem veic pasākumus, kas nepieciešami lai stāvokli izlabotu, ņemot vērā tiem pieejamo jauno informāciju.

Muitas kodeksa, kas pēc būtības ir viens no galvenajiem dokumentiem, kas regulē muitas lietas Eiropas Savienībā, 13.pants nosaka muitas iestāžu tiesības saskaņā ar spēkā esošajos noteikumos paredzētajiem nosacījumiem veikt jebkādu kontroli, ko uzskata tās par vajadzīgu, lai nodrošinātu to, ka pareizi piemēro muitas noteikumus un citus tiesību aktus. Savukārt 4.pantā ir noteikts, ka „muitas kontrole” ir īpašas darbības, ko muitas dienesti veic, lai nodrošinātu to, ka pareizi piemēro muitas noteikumus un citus tiesību aktus, šādas darbības var ietvert preču pārbaudi, deklarācijas datu un elektronisku vai rakstisku dokumentu esamības un autentiskuma kontroli, uzņēmumu grāmatvedības un citu uzskaites datu pārbaudi, transportlīdzekļu apskati, personu nestas vai vestas bagāžas un citu mantu pārbaudi un administratīvas izziņas un līdzīgu darbību veikšanu.

Likuma „Par nodokļiem un nodevām” 1.panta definēts, kas jāsaprot ar terminu „nodokļu revīzija (audits)”. Tā ir nodokļu administrācijas pārbaude, kad tiek kontrolēta viena vai vairāku nodokļu, nodokļu deklarācijas posteņu vai nodevu un citu valsts noteikto maksājumu aprēķināšanas, maksāšanas un ieskaitīšanas budžetā pareizība un atbilstība normatīvajiem aktiem noteiktā taksācijas periodā. Savukārt termins „datu atbilstības pārbaude” nozīmē nodokļu administrācijas pārbaudi, kuras laikā tiek kontrolēta nodokļu, nodokļu deklarācijas posteņu vai nodevu un citu valsts noteikto maksājumu aprēķināšanas pareizība un atbilstība normatīvajiem aktiem, izvērtējot nodokļu administrācijas rīcībā esošo informāciju, nodokļu maksātāja nodokļu un informatīvajās deklarācijās norādītos datus, ja šīs deklarācijas nodokļu administrācijai ir iesniegtas vai tās bija jāiesniedz. Datu atbilstības pārbaudi veic nodokļu administrācijas telpās, nepieprasot no nodokļu maksātāja saimnieciskās darbības attaisnojuma dokumentus, bet attiecībā uz muitas deklarāciju pēcmuitošanas pārbaudēm ir paredzēts izņēmums un šo pārbaužu veikšanai nodokļu administrācija ir tiesīga pieprasīt no nodokļu maksātāja nepieciešamos dokumentus.

Muitas kodekss nosaka, ka pēcmuitošanas pārbaudē veiktā papildus muitas nodokļa aprēķina paziņojums parādniekam netiek izsniegts, ja beidzies trīs gadu laika posms pēc dienas, kurā radies muitas parāds. Šī norma ir identiska Latvijas nacionālajam regulējumam attiecībā uz audita veikšanas termiņu, un proti, papildus nodokļu aprēķini veiktās muitas normatīvo aktu piemērošanas kontroles rezultātā ir pieļaujami trīs gadu laikā no attiecīgā nodokļa samaksas termiņa.

ES izdotie normatīvie akti neregulē specifiskus pēcmuitošanas pārbaužu veikšanas jautājumus un kārtību, tāpēc šāda kārtība meklējama nacionālajos normatīvajos aktos. Latvijas Republikas Muitas likuma 4.panta otrā daļa nosaka, ka Latvijas nacionālajā kompetencē ietilpstošos ar muitas lietām saistītos jautājumus Valsts ieņēmumu dienests administrē likumā „Par nodokļiem un nodevām” un citos normatīvajos aktos noteiktajā kārtībā. No minētajiem normatīvajiem aktiem izriet, ka pēcmuitošanas pārbaudes, lai noteiktu, vai muitas nodoklis un citi maksājumi aprēķināti, maksāti un ieskaitīti budžetā pareizi un atbilstoši normatīvajiem aktiem, atbilst nodokļu revīzijas (audita) vai datu atbilstības pārbaudes pazīmēm, līdz ar to veicamas vispārējā kārtībā, izņemot noteikumus, kuri ES līmenī īpaši noteikti muitas jomā.

Pamatojoties uz jau minēto Muitas kodeksa 13.pantu muitas kontrole, tajā skaitā arī muitas audits, kas nav izlases veida pārbaudes, balstās uz riska analīzi, izmantojot automatizētas datu apstrādes paņēmienus, lai noteiktu riskus un to apjomu un izstrādātu riska novērtēšanai vajadzīgos pasākumus, balstoties uz valsts, Kopienas un, ja iespējams, starptautiski izstrādātiem kritērijiem. Saskaņā ar minētajām normām, muitas auditu veic, pamatojoties uz riska faktoru analīzi. Riska faktori ir iespējamība, ka ir radusies jebkāda veida neatbilstība, piemērojot muitas lietas regulējošos normatīvos aktus. Tas vēl nenozīmē, ka neatbilstība ir radusies, taču kā riska faktoram tai būtu jābūt kontrolētai. Riska analīze ietver arī informāciju, kas saņemta no citām iestādēm un valstīm.

Balstoties uz veikto riska analīzi, nodokļu administrācija pamatā veic divu veidu pēcmuitošanas pārbaudes – muitas auditu un muitas deklarāciju pārbaudi pēc preču izlaišanas.  Kopš 2012.gadā veiktās kārtējās reorganizācijas Valsts ieņēmumu dienestā, formāli ir likvidētas muitas audita struktūrvienības un pievienotas Nodokļu kontroles pārvaldei, kas veic visa veida nodokļu auditus, tai skaitā, muitas auditus, īpaši tos neizdalot, taču pēc būtības veikto pārbaužu veids nav mainījies, vien mainījies lēmuma nosaukums un lēmums muitas audita lietā praktiski vairs netiek lietots. Muitas audits tas tiek apvienots ar vispārēju nodokļu auditu vai konkrēta nodokļa auditu. Kā jau minēts, nodokļu auditi pamatā tiek veikti pamatojoties uz veikto riska analīzi un ja šādas analīzes rezultātā VID saskata risku attiecībā uz muitas normatīvo aktu ievērošanu, tad tiek veikts nodokļu audits, kas pēc būtības ietver arī muitas auditu.

Veicot pēcmuitošanas pārbaudes, nodokļu administrācija pārbauda, vai pareizi piemēroti normatīvie akti, nododot preces muitas procedūrā, un jo īpaši uzmanība tiek pievērsta preču kombinētās nomenklatūras kodu noteikšanai, visu nepieciešamo izmaksu iekļaušanai preču muitas vērtībā, atbrīvojumu un atvieglojumu piemērošanai, noformējot precēm muitas procedūras, muitas procedūru noformēšanas aspektiem un nodokļu nomaksai šajā sakarā, kā arī allaž aktuālajai pārstāvības tēmai muitas jomā.

Attiecībā uz preču kodu noteikšanu, kā vienu no būtiskākajiem riskiem preču importētājiem jāmin preces koda attiecināšana uz iepriekšējo trīs gadu periodu, un konkrēti – preču paraugi tiek noņemti vienai kravai, parasti pēdējai importētajai, kura ir pieejama, jo preces vēl nav nodotas tālākai realizācijai iekšzemes tirgū. Veiktās pārbaudes rezultātā konstatējot, ka muitas deklarācijā preces ir deklarētas ar neatbilstošu preču kodu, nodokļu administrācija no jauna noteikto preču kodu attiecina uz visām precēm, kas var tikt uzskatītas par identiskām (tas pats ražotājs, tas pats preces apraksts vai sastāvs un tml), iepriekšējā trīs gadu periodā. Praksē samērā bieži ir gadījumi, kad pēc paraugu noņemšanas kravai un cita preču koda noteikšanas, muitas iestādes attiecīgo preci un kodu jau iekļauj savā risku pārvaldības sistēmā, kā rezultātā arī nākamajām deklarētajām kravām (ne tikai konkrētajam importētājam sūtītajām, bet visām) tiek veiktas pārbaudes, kā arī kritērijs tiek iekļauts muitas auditu riska kritērijos un visai drīz pēc attiecīgās pārbaudes veikšanas importētājs saņem lēmumu par muitas audita uzsākšanu attiecīgi jau nevis vienai deklarācijai, bet gan par iepriekšējo trīs gadu periodu.

Kā vēl vienu būtisku īpatnību pēcmuitošanas pārbaužu lietās, jāmin pārstāvības piemērošana ne tikai noformētajās muitas deklarācijās, bet arī muitas audita laikā. Un proti, saskaņā ar muitas lietas regulējošajiem normatīvajiem aktiem, muitas deklarācijas ir pieļaujams aizpildīt ar pārstāvja starpniecību. Tiek izdalīti divi pārstāvības veidi – tieša pārstāvība, kad pārstāvis noformē muitas deklarāciju sava klienta vārdā un uzdevumā, un netieša pārstāvība, kad pārstāvis noformē muitas deklarāciju savā vārdā, bet klienta uzdevumā. Veicot muitas auditu preču importētājam, izveidojas situācija, ka tā laikā var tikt noteikti papildus nodokļu maksājumi arī pārstāvim, kas noformējis muitas deklarācijas. Rezultātā izveidojas situācija, kad vienai juridiskai personai veiktā nodokļu audita rezultātā, lēmums par papildus veicamiem nodokļu maksājumiem tiek piestādīts citai juridiskai persona, proti, pārstāvim. Kaut arī attiecībā uz personas pārstāvi netiek ievērotas likumā „Par nodokļiem un nodevām” noteiktās tiesības noteiktā termiņā būt informētam par nodokļu audita veikšanu konkrētai personai, Augstākās tiesas Senāts ir vērtējis šāda apstākļa ietekmi uz gala lēmuma spēkā esamību un ir norādījis, ka „likuma „Par nodokļiem un nodevām” normas, kas skar nodokļu audita veikšanu, tieši neregulē tādas situācijas, kas raksturīgas muitas jomā, kad preces importētājs  ir viens nodokļu maksātājs, bet deklarētājs – cits nodokļu maksātājs. Ja ievēro situācijas atkāpes no likumā tipizētās formas, bet patur prātā audita procesa noregulējuma jēgu, tad divkārša – importētāja un deklarētāja – pārbaude formāli nav nepieciešama. Svarīgi, lai viena audita ietvaros, konstatējot, ka nodokļu maksātājs darījumu veicis ar pārstāvja starpniecību, kurš pēc likuma būtu atbildīgs par nodokļu parāda saistību nokārtošanu, tiktu ievērotas šāda pārstāvja tiesības, kādas tās ar likumu piešķirtas nodokļu maksātājam, t.i., būt informētam par pārbaudes veikšanu, pārbaudes apjomu, termiņiem un rezultātiem.” Tāpat minētajā lietā tiesa ir konstatējusi, ka sākotnējais lēmums muitas ir bijis nosūtīts pārstāvim, tas ir bijis informēts par veikto nodokļu administrācijas kontroli un tam ir bijusi iespēja apstrīdēt pieņemto lēmumu.

Atšķirība viena muitas audita rezultātā aprēķinātajām papildus nodokļu summām ir to samaksas termiņā. Tā kā pamatā par preču ievešanu tiek maksāts muitas nodoklis un pievienotās vērtības nodoklis, tad pēcmuitošanas pārbaudēs, kas atbilst nodokļu audita pazīmēm, arī pamatā tiek papildus aprēķināts muitas nodoklis, pievienotās vērtības nodoklis, nokavējuma nauda un soda nauda. Tā kā muitas nodokļa nomaksas termiņus regulē Muitas kodekss, tad samaksas termiņš muitas nodoklim ir desmit dienas, kamēr pārējie maksājumi budžetā tiek regulēti nacionālajos normatīvajos aktos un to samaksas termiņš ir trīsdesmit dienas. Rezultātā, pieņemot lēmumu muitas audita lietā gadījumos, kad tiek aprēķināts papildus aprēķināti visi minētie maksājumi, to samaksas termiņi ir dažādi. Muitas nodoklis ir maksājams desmit dienu laikā, bet pievienotās vērtības nodoklis, nokavējuma nauda un soda nauda ir maksājami trīsdesmit dienu laikā.

Būtiska atšķirība ir arī lēmumu izpildes kārtībā gadījumos, ja lēmumi nodokļu audita lietā tiek apstrīdēti. Nacionālais regulējums šādos gadījumos nosaka, ka lēmumu izpilde tiek apturēta uz lēmuma pirmstiesas apstrīdēšanas laiku, savukārt Muitas kodekss nosaka, ka lēmuma pārsūdzēšana neaptur tā īstenošanu, līdz ar ko izveidojas situācija, ka ir ne tikai dažādi papildus aprēķināto nodokļu samaksas termiņi, bet arī to izpildes kārtība. Muitas nodokļa samaksa saskaņā ar Muitas kodeksu netiek apturēta lēmuma apstrīdēšanas gadījumā. Taču šo situāciju iespējams risinām ar nodokļu samaksas termiņa atlikšanu, jo Muitas kodekss pieļauj papildus aprēķināto maksājumu izpildes atlikšanu, taču šāda atlikšana muitas nodokļa gadījumā, ja vien nepastāv īpaši ekonomiski apstākļi, ir atkarīga no nodrošinājuma sniegšanas, kas nozīmē, ka, lai saņemtu muitas nodokļa samaksas termiņa atlikšanu ir jāiesniedz galvojums vai apdrošināšana.